Altre organizzazioni

Oltre ad Alba, all'interno dei vari villaggi sono nate diverse organizzazioni speciali, orientate soprattutto alla protezione del villaggio o al mantenimento dell'ordine pubblico. Una di queste è la Squadra Speciale ANBU (暗部, lett. lato oscuro?). Il nome è l'abbreviazione per Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai (暗殺戦術特殊部隊, lett. Forza Tattica Militare Speciale di Assassinio?). La squadra protegge il Villaggio nelle situazioni eccezionali, portando a termine missioni ad alto rischio in paesi nemici ed affrontando anche ninja di livello S. Sono anche responsabili delle richieste di assassinio e delle missioni per cui sono richiesti ninja particolarmente abili. Una parte dei ninja di questa organizzazione, i ninja inseguitori (追い忍, oinin?) si occupa di catturare i ninja traditori (抜け忍, nukenin?). Il loro scopo è uccidere l'obiettivo, distruggendo completamente il suo corpo per evitare che altri villaggi vengano a conoscenza delle tecniche segrete e delle abilità innate che il ninja traditore possedeva.Molti anni prima dell'inizio della serie esisteva una sottosezione della Squadra Speciale ANBU chiamata Radice (根, Ne?), creata e direttamente controllata da tale Danzo. Nonostante essa fu sciolta, poiché in contrasto con le opinioni del Terzo Hokage, molti membri rimasero leali al gruppo.Prima della distruzione del clan Uchiha esisteva a Konoha una sorta di forza dell'ordine, chiamata Polizia della Foglia (木ノ葉警務部隊, Konoha Keimu Butai?), con il compito di far rispettare la legge all'interno del Villaggio. I Poliziotti della Foglia avevano una giurisdizione illimitata, tranne che per i campi sotto il controllo diretto dell'Hokage e della Squadra Speciale ANBU. È molto probabile che, essendo la Polizia della Foglia unicamente composta da membri del clan Uchiha, in seguito allo sterminio del clan l'organizzazione si sia dissolta. Il loro simbolo è formato da uno shuriken gigante, con sopra inciso il simbolo degli Uchiha, un ventaglio.